地主A因為自己房屋老舊，所以決定參與都市更新計畫，並與建商簽訂合建契約書，幾年後房屋逐漸完工，正當A高興自己即將入住新房屋時，卻接到建商通知，表示A為地主，因此應該繳交部分營業稅，雙方便發生爭執。那麼參與都市更新，營業稅應該由誰負擔才對？
隨著都市發展，許多老舊建物在政府基於市容更新與防震公安等考量下，持續推動都市更新計畫，而土地開發利益龐大，因此不少建商投入都市更新事業，台灣地狹人稠，土地取得不益，所以有些都更是採取地主與建商合建的模式進行，實務上都更合建型態有好幾種，本文案例是屬於「合建分屋」的態樣，就是建商提供資金，在地主提供的土地上興建房屋，雙方於興建完成後依約定比例分配房屋樓層及土地持分，事實上就相當於建商以其所建房屋之一部分，向地主換取並分得土地持分。
為何都更中會產生營業稅？因為從上述「合建分屋」型態來說，地主將其所有的土地移轉給建設公司，以此與建設公司交換分配到的房屋，這屬於民法中互易關係，民法第398條規定：「當事人雙方約定互相移轉金錢以外之財產權者，準用關於買賣之規定。」，既然民法明定互易準用買賣之規定，那麼地主將土地跟建商交換房屋法律性質上也算是一種買賣銷售行為，所以當然會在課徵營業稅的範圍內。
接下來我們要了解甚麼是「營業稅」？其實它的正式名稱應該是「加值型及非加值型營業稅」，我們一般簡稱為營業稅，就是國家針對營利事業按照它的營業額所徵收的稅賦。依照「加值型及非加值型營業稅法」（以下簡稱營業稅法）第1條規定：「中華民國境內銷售貨物或勞務及進口貨物，均應依本法規定課徵加值型或非加值型之營業稅。」，如前所述，法律認定地主將土地跟建商交換房屋也算是一種買賣銷售，所以依照營業稅法第1條規定，這也會在課徵營業稅的範圍內，而依照營業稅法第2條第1項，銷售貨物或勞務之營業人為納稅義務人。在都市更新的案例中，建設公司的角色都是房屋之出賣人，也就是銷售貨物之營業人，按理來說，營業稅的納稅義務人應該是建設公司，建設公司應該繳納營業稅並開立發票，但是實務上卻發生地主變成營業稅最終負擔者的狀況，這是怎麼回事？
本案當事人A與建商簽訂合建契約書，但建商突然在開了一次說明會後，要求A再簽另一份契約，其中最大的差異就是營業稅約定由地主A負擔，建商告訴A，因為營業稅是內含的，建商只是營業人，營業稅依照稅法精神本來就是買方要支付給政府的，營業人只是代收代付，由於A可分回的房屋大約50坪，總市值約新台幣（以下同）5千萬元，如果以5%營業稅計算，建商告訴他未來必須要支付大約250萬元左右的營業稅，A一度拒絕簽署新契約，但建商卻聲稱如果拒簽就是違約。那麼營業稅到底是由建商付還是地主付？最大關鍵在於合建時建商採行的是「權利變換機制」還是「協議合建機制」。所謂的「權利變換機制」是指依照「都市更新條例」的規定，由不動產估價師評估目前改建後的全案價值，扣除共同負擔後，所有權人再按照土地權利價值比例分配更新後的房地及權利金；「協議合建機制」是指所有權人與實施者以簽訂契約的方式，約定更新後所分回之權利或房屋坪數等。如果是採行權利變換機制，因為營業稅已經內含在重建總成本當中，建商自然不能再要求地主去支付營業稅；相反的，如果是一般協議合建，當地主與建設公司合建分屋，如同前面所說它屬於互易行為，地主轉讓部分土地給建商，建商再轉讓房屋給地主，雙方未支付現金，以地換屋，但仍然準用民法買賣相關規定。而建設公司委託營造廠興建房屋，要付錢給營造廠，這錢當中，也包含有營業稅的5%稅金，以換得營造廠開給建設公司的發票；當建設公司賣出房屋時，自然也要開發票給地主，地主給出去的，自然也應該包含5%的稅金，對建設公司而言，進項與銷項稅額才能部分沖銷。從以上的觀點可知，互易行為就像買賣一樣，地主要負擔營業稅。
在法院判決實務中，也有遇到營業稅究竟由哪一方負擔的爭議事件，司法院大法官會議釋字第688號解釋認為，雖然營業稅在稅捐稽徵技術上，是以營業人為納稅義務人，但營業稅可以透過後續交易轉嫁給最後的買受人。因此法院遇到此類案件，會以雙方在契約裡面，是否註明建商僅只是代收代付？有無明確規定由何人負擔營業稅？是否明示不轉嫁給最後購買者（地主）…..等文字，以此判定營業稅究竟由何人負擔。
所以地主在與建商協議都更時，如果是採取「協議合建機制」，倘若合建契約未明確記載營業稅應該由誰負擔，那麼營業稅有可能會由地主繳納，此點地主必須留意。